伊本?西拿驳斥上述所有论点，这让他付出了很大的代价。他写信给整个亚洲世界的学术同行，也在书里和文章里提出自己的看法。伊本?西拿相信人类理性所具有的力量，既相信人有理解周遭世界的可能性，也相信人有了解人与“理型”、人与神关系的能力。他主张人所要做的，就是去领会自然与社会在这个可以理解的理性世界里的模式，借此领会世界本有的神性。以尽可能简单的方式探索最困难的问题，并利用推理与心智来决定好的答案，这就是人的义务。全体人类都可以通过智慧的突破而进步。这里不可能大范围讨论伊本?西拿的哲学研究，我们只能说，他的著作探索了一整套新柏拉图主义的体系，从神到人体血液流动都囊括在内。伊本?西拿写过至少五十本书，这还只是其自传所附的简短著作目录里列出来的；其他版传记附了比较长的著作清单，根据其中所列，他很有可能写过超过一百本书。而三分之二以上的书都在讨论形而上学、伦理学与逻辑学。伊本?西拿也针对几个特定的医学主题写过研究结果，例如心脏病疗法、绞痛与相思病，甚至写了一部重要的医学百科。他也写诗，还写过好几本谈天文观测仪器与几何问题的书，他还有一本书讲的是部队的管理。21 伊本?西拿的医学著作内容同时得自他当医生的经验、见识过的周遭人所使用的医疗手段，以及从盖伦到亚里士多德的古希腊、罗马知识。他的巨著《医典》(Canon of Medicine )开篇就是医生的工作内容：首先要了解个别的病人，其次是分析症状与病因，才开始治疗。分析时要从火、风、土、水四种体液开始。如果是个身体健康、心智健全的人，那么体液多半都会留在它们该在的器官里。人也会因为受此种或彼种体液主导影响而有所不同—或热、或冷、或干、或湿。受过训练的医生能够用例如检查呼吸甚至是观察头发颜色的方式来了解病人的情绪，这两种方法可以把病人大致分为热或冷、湿或干的类型。各种体液之间的不平衡，呼吸的气息在体内的移动受到阻碍，或是器官内部与周围能量的流动受到限制，都会造成疾病。治疗的方式有强化或抑制体液、刺激特定的器官，或是改变呼吸的方式和呼吸的动作。让身体跟体内或体外更高层的灵魂，或是跟自然中的神灵有更好的配合，也是种治疗方式。22 伊本?西拿解释了如何改善呼吸： 比方说，酒能以滋养的方式让呼吸恢复；珍珠与蚕丝(能抵消冲突的事物)则能为呼吸带来清亮与明快；余甘子、琥珀与珊瑚能让气息稳固，防止气息快速消散；多榔菊属的植物则能提供热能，改善气息的性质。23 伊本?西拿的《医典》最引人注目的特色，是热带植物和衍生处方在一大段复方疗法中的数量。光是我们能轻易辨认出来的就有三十多种，完整的数量想必更多。伊本?西拿从实际运作的贸易网络中汲取知识，也正是这面网络将这些药物以及使用药物的知识带到了中东与中亚。伊本?西拿也在盖伦与亚里士多德的处方中融入了大亚洲世界里发明、改良过的医学知识。不过伊本?西拿很难称得上是注意到并运用这些热带药物的及时人，毕竟这些药物已经用了超过百年了。比方说，伊本?西拿描述的多数药物，已经在一本来自9 世纪的巴格达谈治疗方法的书里出现过了。24 那么，这位天赋异禀的哲人医生，究竟为什么会被人关在哈玛丹城外的城堡里呢？他虽然想过着研究与写作的平凡一生，却被卷入王朝冲突以及远非他所能掌控的政治局势中。他的自传仅轻描淡写道：“情势所需把我带到了那萨(Nasa)，从那萨去巴瓦德(Baward)，接着到图斯(Tus)，转往萨玛干(Samaqan)，再转往呼罗珊地区最边境的贾拉尔姆(Jararm)，然后则是戈尔干。”25 其他的史料提供了更完整的情况。伊本?西拿是要逃离阿富汗国王，即伽色尼的马哈茂德(Mahmud of Ghazni)迅速扩张的王国。马哈茂德写信给庇护伊本?西拿的几个国王，表示他想让这位哲学家为自己的宫廷增添光彩。但伊本?西拿听出了弦外之音。马哈茂德的正统派宫廷不太可能热情欢迎伊本?西拿身上人文主义、理性思考的烙印。26 伊本?西拿猜想，自己大概会是个让马哈茂德的宫廷“蓬荜生辉”的犯人。 从公元1010 年到1017 年，伊本?西拿和自己忠实的学生尤兹扎尼(Juzjani)就停留在马哈茂德帝国前沿之外的地方，从一个首都去另一个首都，朝着更西、更南的地方走。伊本? 西拿依旧洞若观火，深知自己对任何一处宫廷来说既是资产，也是负担。 我长得这么大，大到没有城市能容我身，可每一个兜售我的人却都把我的身价标得这么高。27 即便颠沛流离、凶险不断，但伊本?西拿无论到哪里，都持续写作，讨论哲学，与人通信。他先是待在靠近今天德黑兰的雷伊，这里的人拖延了马哈茂德几年的时间；接着他往东到了加兹温(Qazvin)，往南抵达哈玛丹，成为哈玛丹统治者—也是雷伊统治者的兄弟—沙姆斯?道莱(Shams al-Dawla)的好友与官员。伊本?西拿伴着国王一同出征，他也根据这样的经验写下了《部队管理》(The Management of Troops )。