以及各种先天性疾病，如畸形、器官缺陷、免疫性疾病、早衰、猝死等，如克隆羊“Dolly”出现早衰现象。这可能与遗传印记作用受到破坏有关，在自然生育中早期的雌性胚胎能够通过特异的基因调控，使其一条X染色体失活。而克隆的胚胎一开始则继承了体细胞一个已失活的X染色体。已失活的X染色体需先被激活，待发育到一定阶段后再被失活。在这个激活再失活的过程中，基因表达的异常程度在不同克隆动物之间差距很大，而且同一克隆动物的各器官之间也不一致，易出现发育异常。

3.核移植和体细胞克隆的理论研究相对于技术研究而言较为滞后理论跟不上技术发展，需与发育生物学、细胞生物学及分子遗传学等学科更深层次上的理论结合。

4.供体线粒体带入克隆动物体内在核移植过程中，供体核带入一部分线粒体。通过核移植的克隆动物所含有的线粒体遗传物质实际上是一种嵌合体。应亟待解决动物克隆中这一问题，尽量减少或避免供体线粒体的带入。

5.影响生物遗传多样性每个个体的基因组具有高度的多样性、对自然环境的适应性和协调性。而每一群体的基因库具有丰富的多态性，克隆动物在遗传上是全等的，一种特定病毒或其他病原体的感染，将会带来灾难.如果无计划克隆动物，会扰乱物种进化的规律，破坏生物的多样性，这种对生物界的人为控制会带来许多意想不到的危害。

6.克隆人改变了人类自然生殖方式生殖性克隆人是通过体细胞核移植这种无性方式复制一个基因组结构与现存的或已去世的个体一样的人，是一种低级的生殖方式。

(二)克隆人与伦理道德和法律

克隆人导致的伦理道德问题是引起世人反对克隆的主要原因。

首先，克隆人影响构成社会的单元——家庭。其次，克隆人是对人的尊严的践踏，克隆婴儿像产品一样在实验室里被制造和处理、生命的权利和尊严被人为操纵。第三，社会上克隆人与供体者的关系，克隆人的身份、社会地位、家庭观念、婚姻等将是社会不稳定的潜在因素。再有，克隆人实验因技术不完善会产生严重的社会后果，也会因胚胎的残缺而扼杀新生命的诞生。

目前，国际社会对克隆人普遍持否定态度。联合国已制定了《禁止人的克隆生殖国际公约》。欧洲理事会、美国、英国、德国、加拿大、澳大利亚、以色列、韩国、新加坡等数十个国家和地区明令禁止生殖性克隆。2003年我国科技部与卫生部联合的《人胚胎干细胞伦理指导原贝I》第4条明文规定“禁止进行生殖性克隆人的任何研究”。

虽然国际上普遍对克隆人即生殖性克隆持反对态度，但对治疗性克隆，原则上是认同的。2009年，我国科学家不但应用人类成纤维体细胞获得克隆胚胎，更重要的是应用帕金森病患者外周血的淋巴细胞作为供体细胞也成功获得囊胚，这使人类治疗性克隆研究向前迈进了一大步。正因为治疗性克隆与生殖性克隆关系密切，目前国际上对治疗性克隆规定了3条原则：①取得的材料，如卵子、体细胞等，必须是自愿的，不能是骗来的或是买来的，提供者有知情权；②胚胎细胞保留时间不能超过14天，超过则有克隆人之嫌；③不能将克隆的胚胎细胞植入人体子宫。

近年来诱导多能干细胞系的建立，使人们有可能避开使用人的卵细胞以及所涉及的颇有争论的伦理问题，使克隆和干细胞在理论和应用上的研究又迈进了关键的一步。

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