及时篇分子模拟理论基础/1

第1章绪论2

1.1分子模拟2

1.2基本概念4

1.2.1坐标系4

1.2.2分子图形5

1.2.3分子表面5

1.2.4原子模型和粗粒模型7

1.2.5模拟方法8

1.3分子模拟历史9

1.3.1早期的刚性球势和LennardJones势9

1.3.2小的非极性分子10

1.3.3极性分子和离子10

1.3.4链分子和聚合物10

1.3.5分子模拟中的系综10

1.3.6多体相互作用11

1.3.7非平衡分子动力学模拟11

1.4模拟资源12

参考文献15

第2章统计力学基础17

2.1统计力学基本原理17

2.1.1系综17

2.1.2热力学平均18

2.1.3其他涨落热力学性质19

2.1.4输运系数21

2.2粒子动力学22

2.2.1非约束粒子的运动22

2.2.2受约束粒子的运动23

2.2.3维里定理27

参考文献27

第3章力场28

3.1势函数29

3.2简正模式30

3.2.1特征运动30

3.2.2分子光谱31

3.2.3光谱与力常数31

3.3简单体系的分子力场32

3.4势能函数的具体形式33

3.4.1键伸缩势34

3.4.2键角弯曲势35

3.4.3二面角扭转势36

3.4.4离平面的弯曲势38

3.4.5交叉项40

3.4.6van der Waals势40

3.4.7静电相互作用41

3.4.8氢键势43

3.5常见的力场43

3.5.1OPLS力场44

3.5.2ECEPP/3力场44

3.5.3AMBER力场45

3.5.4CHARMM力场45

3.5.5MM3力场46

3.5.6CFF力场47

3.5.7通用力场48

3.5.8COMPASS力场48

3.6联合原子和约化处理49

3.7粗粒力场50

3.7.1MARTINI力场50

3.7.2从全原子到粗粒模型52

3.8多体势53

3.9水分子力场54

3.9.1简单水分子模型54

3.9.2可极化水分子模型56

3.10选择力场56

3.10.1力场的命名56

3.10.2力场的发展趋势57

3.10.3如何选择力场57

参考文献58

第4章能量最小化64

4.1势能面64

4.2势函数的极小值65

4.3非导数求极值法67

4.3.1单纯形法67

4.3.2按序单坐标逼近法68

4.4导数求极值法69

4.5一级导数求极值法70

4.5.1最速下降法70

4.5.2共轭梯度法74

4.6二级导数求极值法75

4.6.1牛顿拉森法75

4.6.2准牛顿拉森法76

4.6.3沿对角线分块牛顿拉森法77

4.7能量最小化方法的选择和收敛性判据77

4.8过渡态结构与反应路径78

4.8.1鞍点和二次区域79

4.8.2搜寻鞍点81

4.8.3反应路径82

4.9溶剂化效应83

参考文献84

第5章模拟中的基本原理85

5.1短程相互作用86

5.1.1相互作用力86

5.1.2周期边界条件 86

5.1.3非周期边界方法87

5.1.4最近镜像方法88

5.1.5近邻列表89

5.1.6连锁格子方法90

5.1.7后续处理问题91

5.2长程相互作用94

5.2.1Ewald求和法95

5.2.2反应场方法98

5.2.3PPPM方法100

5.2.4树状方法101

5.3模拟过程103

5.3.1选择初始构型104

5.3.2判断平衡104

5.3.3模拟结果和偏差分析107

参考文献108

第6章Monte Carlo 模拟110

6.1Monte Carlo模拟中的配分函数110

6.2Monte Carlo原理112

6.2.1函数积分112

6.2.2Metropolis取样和Markov链113

6.3基本Monte Carlo模拟115

6.3.1算法116

6.3.2平动116

6.3.3取向运动117

6.4不同系综中的Monte Carlo模拟121

6.4.1正则系综122

6.4.2等温等压系综123

6.4.3巨正则系综125

6.4.4微正则系综125

参考文献126

第7章分子动力学模拟128

7.1积分运动等式128

7.2Verlet预测方法129

7.2.1Verlet算法129

7.2.2蛙跳Verlet算法130

7.2.3速度Verlet算法130

7.2.4Beeman算法131

7.3Gear预测校正方法131

7.3.1基本的Gear算法131

7.3.2Gear算法的改进方法132

7.4分子体系中的积分方法132

7.4.1小分子133

7.4.2大分子133

7.5不同系综中的分子动力学138

7.5.1微正则系综138

7.5.2正则系综139

7.5.3恒压恒焓系综143

7.5.4等压等温系综145

7.5.5巨正则系综146

7.6相关函数148

7.6.1时间相关函数148

7.6.2空间相关函数150

7.6.3输运性质151

参考文献152

第8章介观模拟155

8.1耗散粒子动力学模拟155

8.1.1基本原理155

8.1.2如何选择步幅和噪声158

8.1.3如何选择排斥参数159

8.1.4如何选择FloryHuggins参数160

8.1.5DPD在胶体化学中的应用实例161

8.2介观动力学模拟162

8.2.1热力学部分163

8.2.2动力学部分165

8.2.3参数部分166

8.2.4介观动力学在聚合物溶液中的应用实例166

参考文献167

第9章量子化学168

9.1Schr dinger方程168

9.1.1Born-Oppenhemer近似169

9.1.2单电子近似170

9.1.3原子轨道线性组合近似171

9.1.4Roothaan方程171

9.2电子相关和后HF方法172

9.2.1组态相互作用173

9.2.2多体微扰方法174

9.3密度泛函理论176

9.4基函数(基组)的选择177

9.4.1LCAO178

9.4.2STO(Slater type orbital)178

9.4.3双ζ及三ζ基178

9.4.4GTO(Gaussian type orbital)179

9.4.5简缩的Gaussian基组179

9.4.6分裂价基180

9.5半经验分子轨道方法181

9.5.1全略微分重叠方法(CNDO)181

9.5.2间略微分重叠方法(INDO)182

9.5.3忽略双原子微分重叠方法(NDDO)182

参考文献182

第二篇分子模拟实验/183

第10章分子模型的创建与优化184

10.1分子模型的绘制184

10.2分子构型优化186

10.3复杂分子结构的创建189

思考题191

第11章分子轨道的计算和分析193

11.1分子轨道等值面图193

11.2总电子密度图196

11.3静电势图196

11.4电荷分布图198

11.5分子表面199

思考题201

第12章势能面计算202

12.1键的断裂203

12.2分子间的弱相互作用206

12.3分子构象搜索209

12.4化学反应势能面扫描213

思考题215

第13章化学反应模拟216

13.1计算化学反应的自由能216

13.2优化搜索过渡态220

思考题225

第14章分子光谱计算226

14.1红外和拉曼光谱226

14.2紫外可见光谱230

14.3X射线衍射光谱235

第15章溶液行为的分子动力学模拟239

思考题244

第16章固体材料表面吸附行为的Monte Carlo模拟245

16.1吸附等温线245

16.2吸附构型249

16.3吸附动力学250

思考题252

第17章表面活性剂聚集行为的介观模拟253

17.1DPD方法模拟表面活性剂在溶液中的聚集行为253

17.2Mesodyn方法模拟嵌段共聚物的相行为256

思考题259

第18章生物膜的粗粒化模拟260

思考题269

参考文献270

附录271

附录ⅠMaterials Studio软件简介271

附录ⅡOrigin自定义函数拟合及构建三维势能面、能量折线图的方法284

1.自定义函数拟合284

2.绘制三维势能面285

3.绘制能量折线图287

后记290