建立清王朝的满族人，源自建州女真部，并一向以两宋之际建立金朝的女真后裔自居；但根据历史学者的考证，建州女真实际上最早是生活在黑龙江流域的通古斯原始部落“斡里朵部”。金朝灭辽和北宋之后，占领中原广大地区，大批女真人离开他们的东北故地，他们在原居住地留下的真空地带很快被通古斯人占据。到了元朝，如同进入中原的女真人高度汉化一样，东北的各个通古斯族群也在不同程度上被涌入东北的蒙古人所同化，语言服饰等方面都烙上了深深的蒙古痕迹，以至于后来的清太宗皇太极谈及满人和蒙古人的关系时，用了一个极显亲密的词汇——“满蒙一家”。不过，这个词汇里的“蒙”仅指漠南蒙古各部。即使是征服漠南蒙古，也耗费了努尔哈赤和皇太极四十余年的时间。

1593年12月，明朝辽东边外古勒山，建州女真一万多士卒在其“聪睿贝勒”佟 努尔哈赤的指挥下，依仗有利地势，与三万人多势众但却一盘散沙的海西女真等部组成的“九部联军”展开激战。战事的结果是，努尔哈赤取得了胜利，“九部联军”被建州军轻易击溃：阵亡四千余人，叶赫部贝勒布寨被杀，乌拉部贝勒布占泰被俘；除此之外，还有多名海西女真各部的头目或死或伤，三千多匹战马和千余副甲胄成了建州军的战利品。此役之后，战败的海西女真受到重创，而获胜的努尔哈赤则是威名更盛，加快了统一女真各部的步伐。

值得一提的是，这“九部联军”之中，除了叶赫、乌拉、哈达、瓜儿察、辉发、纳殷、锡伯、朱舍里等八个女真部落外，还有蒙古科尔沁部的加盟。科尔沁部是一个颇有来历的蒙古部落，姓博尔济吉特，属于成吉思汗“黄金家族”的旁系。13世纪成吉思汗建立“大蒙古国”时，将蒙古东部四千户牧民分封给其二弟哈撒儿，因为哈撒儿曾担任成吉思汗的怯薛军弓箭手分队“科尔沁”的指挥官，所以他的后裔部众也被泛称为“科尔沁”，这就是科尔沁部的由来。

科尔沁部原本主要驻牧于海拉尔河以北、鄂嫩河上游的广大地区。1433年，被权臣阿鲁台太师拥立为蒙古大汗的哈撒儿第八世孙阿鲁克帖木儿率领一部分科尔沁人翻过大兴安岭东迁至嫩江一带。随后，哈撒儿第十一世孙锡古苏台的部众也于1438年进入嫩江流域。到1524年，哈撒儿第十四世孙奎猛克塔斯哈拉又率部分科尔沁人移牧嫩江流域，并征服了当地的扎赉特、郭尔罗斯等部；其西南与乌齐叶特、扎鲁特、巴林、翁吉剌等组成的内喀尔喀五部为邻，北接黑龙江索伦各部，东联海西女真，形成了著名的“嫩江科尔沁”，简称“嫩科尔沁”。少数仍留居呼伦贝尔故地的科尔沁部属则由奎猛克的弟弟布尔海和巴衮统领，后来发展为茂明安部和阿鲁①科尔沁部。

此外，由成吉思汗另外两个兄弟的后裔统领的部落——帖木格系的四子部、翁牛特部、喀喇沁部，以及别勒古台系的阿巴嘎部、阿巴哈纳尔部也在科尔沁部附近游牧。这些部族在明朝初期曾经属于朵颜兀良哈三卫，只是这些曾以强悍军力协助明成祖朱棣发动靖难之变、夺取天下的蒙古雇佣兵，此时的势力已经不足以和科尔沁部相抗。由此，科尔沁部得以不断扩张自己的势力范围。

起初，科尔沁一度直入明朝辽东的开原、铁岭西北边外，和明朝直接接触。但到16世纪后期，蒙古大汗直辖的察哈尔部为土默特部俺答汗所迫，自元上都故地金莲川移牧辽河、潢河一带。后来，察哈尔部联手内喀尔喀五部将科尔沁部从明朝边境驱回嫩江流域，这使一度还算忠于蒙古大汗的科尔沁开始疏远汗庭。其时，科尔沁万户的交椅传到了奎猛克曾孙翁果岱手里。为了抗衡察哈尔部和辽西的内喀尔喀五部，科尔沁积极寻求打通经海西女真、建州女真到达明朝辽东的贸易通道，借以增强自身的经济实力。在这个过程中，他们与海西女真各部的联系开始紧密起来。散居于松嫩平原的海西女真锡伯、萨哈尔察和瓜儿察等部均被纳入了科尔沁的势力范围。同在这一过程中，海西女真半游牧半定居的生活方式影响了科尔沁部，后者在今黑龙江省大庆市杜尔伯特蒙古族自治县境内筑起了一座格勒珠尔根城，以供首领居住。之后，毗邻海西女真的科尔沁很快就主动卷入女真人的内部争斗。当时面对建州女真崛起的势头，翁果岱选择了站在海西女真一边，与子侄奥巴、莽古斯、明安等人率科尔沁兵近万人，加入海西女真攻打建州女真的军事行动。九部联军大败后，明安狼狈逃窜，翁果岱、莽古斯、奥巴及大批科尔沁士兵都被建州女真俘虏。

科尔沁加入海西女真反努尔哈赤同盟的原因，无非是害怕建州女真强大起来吞并海西女真各部后，会掐断科尔沁通往明朝的贸易要道。对于这一点，努尔哈赤想必是洞若观火的。按照此前的惯例，建州女真每次作战所获俘虏，上层人物一般是直接处死，待遇稍好的能获得囚徒式的“恩养”，而下层军民则会被强制迁入建州境内重新编组，以充实人力。但古勒山之战后，努尔哈赤却极为罕见地将翁果岱等人释放，并赠以布帛。努尔哈赤这么做，仅仅是想通过这种“远交近攻”的办法，尽可能地减少建州女真扩张的障碍，进一步孤立海西女真。所以他对和建州女真没有太大宿怨、地理位置又相对偏远的科尔沁部，摆出了一副和平友好的姿态。当科尔沁部众悻悻地离开建州之时，当事者谁也没想到，建州、后金乃至清朝对支离破碎的蒙古各部的征服之路，也从此开始。

对于努尔哈赤的意愿，翁果岱表面上领情，实质上依旧和海西女真藕断丝连。他被释放回科尔沁部之后，很快派遣明安出使建州表示和好，但此后科尔沁部仍然时常介入建州和海西的冲突。1608年，努尔哈赤派兵攻打海西女真乌拉部，科尔沁部应乌拉部贝勒布占泰的请求派军对阵努尔哈赤，结果再次战败。海西女真大部被努尔哈赤兼并之后，建州女真的北部边境直接与科尔沁部接壤，为了获取更多战争所需的马匹，努尔哈赤加紧了对科尔沁、内喀尔喀联盟等蒙古部落的笼络。面对建州女真这个强邻，科尔沁部也终于开始慢慢改变表里不一的态度。此后，作为科尔沁部的重要头目，在古勒山被建州打得极惨的明安，首先迈出了重要的一步。

1612年，明安将女儿嫁给努尔哈赤；1613年，努尔哈赤第八子皇太极迎娶明安的侄子莽古斯之女为妻；到1615年，明安的弟弟洪果尔也将女儿嫁给努尔哈赤。努尔哈赤借助和科尔沁部联姻，算是和蒙古黄金家族攀上了亲戚，建州女真也凭着这一点收编了许多蒙古部众。后金立国前夕，建州女真编设的蒙古牛录达到76个之多，为努尔哈赤扩编八旗创造了非常有利的条件。1616年，后金建国没多久，明安亲自前往后金都城赫图阿拉拜见努尔哈赤，受到后金的盛情款待。在此期间，翁果岱去世，其子奥巴继续统领科尔沁部。虽然此后科尔沁和后金仍有小摩擦，如1619年后金对叶赫部发起的一战得胜后，科尔沁竟公然和努尔哈赤抢夺叶赫部的人丁和财物；但这种小插曲没有影响到大局，双方关系愈来愈密切已经是大势所趋。不过，努尔哈赤和蒙古各部往来频繁触怒了一个人——察哈尔部的林丹汗。

自元王朝被朱元璋逐出中原之后，蒙古大汗汗庭的日渐旁落，草原各部又恢复了成吉思汗建国之前割据自立、长期混战的局面。作为黄金家族嫡系、忽必烈后裔的蒙古大汗们时常沦为权臣们的提线木偶，几度丧失继承汗位的资格。直到15世纪末16世纪初，蒙古族女强人满都海哈屯和达延汗巴图蒙克通过不懈努力，才再次从形式上统一了除漠西以外的蒙古各部。为了巩固成果，达到精简汗庭机构、重树黄金家族的目的，按照蒙古人的习惯，巴图蒙克把所辖各部落分成左右两翼，每翼3个万户。其中，左翼三万户包括察哈尔万户、兀良哈万户(其牧地在今蒙古国西部，并非明朝边外的朵颜兀良哈三卫)和喀尔喀万户；右翼三万户包括鄂尔多斯万户、蒙廓勒津万户(后改为土默特万户)和永谢布万户。除了兀良哈万户以外，其他5个万户的重要部落都由巴图蒙克的儿子们统领，大汗的汗庭则设置在察哈尔万户境内。

然而，巴图蒙克的这一套措施也没能做到一劳永逸地解决问题。他在世时，右翼的永谢布万户和鄂尔多斯万户就仗着自己兵强马壮发动叛乱，杀掉了掌管右翼三万户的巴图蒙克次子乌鲁斯博罗特。所幸巴图蒙克属于强势的可汗，他纠集包括科尔沁部在内的各路人马平定了叛乱。巴图蒙克身故之后，继任者阿剌克汗还能对反叛的兀良哈万户实行强力打击，迫使后者从肯特山远遁到西北的阿尔泰山和唐努山地区。在征讨兀良哈万户的军事行动中，鄂尔多斯万户的3个儿子——衮必力克、俺答、博斯哈尔出力甚大，因此被阿剌克汗授予了“小汗”的封号。这一举措为后来蒙古各部首领自立汗号、不尊大汗汗庭号令埋下了伏笔。在阿剌克汗死后，继任的蒙古大汗一代不如一代。1592年，当汗位传到阿剌克汗的孙子布延手里时，蒙古大汗汗权所到，基本上只限于汗庭直辖的察哈尔万户之内了。