郑玄早年曾师事第五元先，通《京氏易》、《公羊春秋》，治今文经学。又从张恭祖受《周官》、《左氏春秋》、《韩诗》等，兼治二家。其后，师事当时最著名的古文经学大师马融，成为兼通今文经学与古文经学的大师。他注费氏古文《易》、采施、孟、梁丘、京氏今文经学四家之说；注《周礼》，用《王制》说；注《古文尚书》，取欧阳、大夏侯、小夏侯之说；笺《毛诗》，用齐、鲁、韩三家诗说；注鲁《论语》，又取齐、古之说；注《孝经》，又采今文经学之论。从而，形成了会通今文经学和古文经学的郑氏学，今文经学与古文经学的界划也由此湣混。

从文化学术的发展来看，分久必合，合久必分，乃是一个普遍的现象。郑玄会通今文经学与古文经学，本是汉代经学长期纷争的必然结果。汉代经学今文经学内部之争，今古二家之争，达百余年之久，学人厌其纷争，而思划一，乃是常理。郑玄会通二家，正是学界思其划一的体现。而且，今文经学与古文经学皆为儒学发展的流变，本来就存在相会通的基本点。

但是，廖平认为："夫说经之道与议礼不同，议礼可斟酌古今，择善而从；说经则当墨守家法，虽有可疑，不能改易，更据别家为说。"①讲经应笃守家法，即使有所怀疑，也不能更改。郑玄注经，兼采今文经学与古文经学，从根本上破坏了经学的原则。所以，《今古学考》指责郑玄："今古之分自郑君一人而斩"。三国魏国王肃求异郑玄之学，使今古之分进一步迷乱。廖平说："郑君之说，犹各自为书；至于王氏，则并其堤防而全溃之。后人读其书，愈以迷乱，不能复理旧业，皆王氏之过也。故其混乱之罪，尤在郑君之上。欲求胜人，而不知择术，亦愚矣哉！"①廖平哀叹郑玄混乱今文经学和古文经学，是经学一大变，认为他的平分今古又是经学的一大变。但"郑变而违古，今变而合古。离之两美，合之两伤"②。郑玄破坏了今古二家的本来面目，平分今古之论则是对今古二家原貌的恢复。其高下优劣，自不待言。

但自郑玄混乱今古两家以来，已经历一千多年的时间，加上历代关于今古之分的各种说法，都未抓住问题的根本，更在这个问题上造成了迷雾。因此，廖平认为今日今古之分，较郑玄当日今古之混要困难千百倍，除了要正面阐明今文经学和古文经学的区分所在外，还需对前人的各种今古之分的理论作出辨析。

前人讲今文经学和古文经学之分，最早见于班固的《汉书·艺文志》。其后，尤其是清末，多有人探讨。有的主张今古之分在文字的不同；有的认为今古之分当以是否立于学官为断；有的以师说的不同作为今古之分的标准；有的主张应以出书早晚区分今古两家；有的认为今古之分在口说与载籍的不同；甚至有人以为讲圣人无父而生就是今文经学，说圣人有父而生就是古文经学；还有人据解《尚书》"稽古"有同天、顺考的不同，而用以解释今古之分，其说之多，殊难一一枚举。而最有代表性与最有影响的是前三种理论，廖平主要辨析的也是前三种说法。

以文字分今文经学和古文经学之说，最早源自《汉书·艺文志》。书中曾比较今文经与古文经的文字异同，如论《易》："刘向以中《古文易经》校施、孟、梁丘经，或脱去`无咎`、`悔亡`。"论《书》："刘向以中古文校欧阳、大小夏侯三家经文，《酒诰》脱简一，《召诰》脱简二。率简二十五字者，脱亦二十五字；简二十二字者，脱亦二十二字。文字异者七百有余，脱字数十。"后来，人们根据《史记·儒林传》载：秦时，伏生壁藏《尚书》。又言："孔氏有《古文尚书》，而(孔)安国以今文读之。"以及《汉书·刘歆传》载，鲁恭王"得古文于坏壁之中"等材料，而认为古文经是壁中藏书，由先秦古文写成；今文经则是汉代通行隶书写成，并认为今古二家之分即在于此。

清代此说尤甚，最有代表性的是龚自珍在《太誓答问·总论汉代今古文名实》中的说法。其中说：

请纵言今文古文。答曰：伏生壁中书，实古文也。欧阳、夏侯之徒，以今文读之，传诸博士。后世因曰伏生今文家之祖，此失其名也。孔壁，固古文也；孔安国以今文读之，则与博士何以异？而曰孔安国古文家之祖。此又失其名也。今文、古文同出孔子之手，一为伏生之徒读之，一为孔安国读之。未读之先，皆古文矣；既读之后，皆今文矣。唯读者，人不同；故其说不同。源二，渐至源百。此如后世翻译，一语言也，而两译之、三译之，或至七译之。译主不同，则有一本至七本之异。未译之先，皆彼方语矣；既译之后，皆此方语矣。其所以不得不译者，不能使此方之人晓殊方语故。经师之不得不读者，不能使汉博士及弟子员悉通周古文故。然而，译语者未曾取所译之本而毁弃之也。殊方语自在也。读《尚书》者，不曰以今文读后而毁弃古文也……此今文古文家之大略也。