精忠叛乱给清廷以重大压力和巨大危害。但康熙始终把斗争矛头主要指向吴三桂。对于精忠，康熙采取征剿与招抚交替使用的两手策略，以便在政治上分化瓦解敌人，较大限度地孤立吴三桂。在策略上，则采取先剪除侧翼，集中力量消灭吴三桂。

针对精忠的军事动向，康熙命令定南将军希尔根、平南将军赖塔、平寇将军根特巴鲁，分别由江西、浙江、广东三面进剿；遣扬威将军阿密达、镇西将军席卜臣、安南将军华善、镇东将军剌哈达等各统领大兵驻扎江南京口等处，以备调度征剿；并敕杭州、镇江水师分防海疆。为了充分发挥前线统帅"指挥调遣，无至牵制，守御征剿，足增威重"的作用，康熙特遣懿亲王、贝勒、公、贝子前往统帅征剿。他授予和硕康亲王杰书为奉命大将军，固山贝子傅喇塔为宁海将军，并调驻守江南的喀喇心、土默特兵征浙江，又命安亲王岳乐统师驻南昌，简亲王喇布驻江宁。

对于敌人营垒中的人，康熙根据不同的具体情况，分别对待。他一面下诏削除精忠王爵，收禁其在京兄弟；一面文告，宣布胁从者不问，立功者受赏，不行株连的政策。诏令说："凡被贼迫胁之官员兵民，有能擒斩精忠投献军前者，优加爵赏；或以兵马城池纳款者，论功叙录；或力有不逮自投来归者，亦免罪收用；其原系所属之人、见为直隶各省文武官员者，概从宽宥；虽有父子兄弟见在福建者，亦不株连"。

即使耿精忠本人，只要投诚，也给予宽容。康熙向兵部与平南将军赖塔、浙江将军图喇、浙江总督李之芳等反复指出，耿精忠同吴三桂虽然都是叛逆，但各自具体情况又不尽相同，要分别对待。他认为耿精忠自其祖父以来，效力清廷，经历三世，积四十余年，而吴三桂则是中途投诚，同清廷的历史关系，没有耿精忠那么深厚；其次耿精忠的谋叛"必系一时无知，堕人狡计"，是附从，吴三桂则是首倡变乱，附从不能同"素著逆谋，首倡叛乱者比"；所以，清廷将吴三桂子孙正法，而耿精忠在京诸弟，照旧宽容，其所属官兵亦未加罪。因此，对吴三桂必须实行坚决征剿，耿精忠如能"革心悔祸，投诚自归，将侵犯内地海贼，进剿图功，即赦免前罪，视之如初"。康熙还特遣工部郎中周襄绪同精忠护卫陈嘉猷一起携带敕文，赴福建招抚耿精忠，耿精忠却将周、陈二人扣留下来，拒绝投降。

六月，康熙再谕兵部和康亲王，耿精忠祖父投诚效力，系累世旧勋，不能因精忠之罪牵连他的祖先，一旦大兵平定闽省，"其祖父骸骨仍许收葬"。七月，康熙又给精忠弟等平反。他指令吏部、兵部说："昭忠、聚忠及族人等与精忠道路远隔，实未同谋，一律从宽释放，官复原职"。八月，康熙又遣聚忠去精忠军前，传达谕旨，精忠若能悔罪率众归诚，许以恢复王爵，仍旧镇守福建，所属人员各守原职，兵民人等照前安插。倘能消除"海寇"，优加爵赏。先前钦差大臣周襄绪等被扣留于闽，亦不追究。但聚忠至衢州，精忠不纳，反命部属江元勋、徐文耀等扼守关隘，肆虐如故。

不过，康熙实行招抚政策，是同军事征剿结合进行的。应该说，政治是不流血的斗争，招抚是征剿的继续。不论征剿与招抚，其目的都是为了消灭敌人。为此，康熙特别提醒将军督抚，招抚不能脱离军事征剿，招抚必须结合军事征剿同时进行，切不可因实施招抚政策，"而误进剿事宜"。耿精忠"若仍执迷，肆逆不悛，其藩下官兵有心存忠义者，或擒斩耿精忠，或率众来降，俱优加赏赉，即只身自归者，亦收留抚恤"。

康熙十三年(1674年)7月，曾养性率兵数万，进攻衢州。浙江总督李之芳、将军赖塔率总兵官李荣、副都统胡图直逼敌人营垒。之芳亲冒矢石，执刀督阵，部属请他稍避敌锋，之芳大声疾呼："全军司令在吾，退即为贼承，今日胜败，即吾死生矣！"守备程龙畏怯，之芳立斩军前，麾众越壕拔栅。自七月十二日至十八日，前后五次会战，大败敌兵，乘胜收复义乌、汤溪、寿昌、淳安。十月，耿军都督周列、副总兵秦明又率兵二万，由常山进犯衢州，清副都统喇哈达、胡图等统兵大败耿军于焦园等地。

与此同时，耿军连续数次组织兵力进犯金华，亦被清军一一击退。九月，结巢于金华郑店之耿军都督陈重不时派兵攻击清军。康亲王杰书遣副将陈世凯会同副都统马哈达等击溃陈军，随即分兵三路，连夜穷追，斩敌五千余人，焚毁郑店敌巢与蓬厂二百余处。十月，清军在金华城外列营二十余里，打败耿军都督徐尚朝等马步兵五万人的进攻，斩敌三万余人。紧接着清军又在积道山、竹园村、马涧等地，连续击退耿军，大破木城，杀敌万余人。

康熙十四年(1675年)，康亲王遣都统马哈达由金华进军处州。清军在通向处州的要道桃花岭上，击败耿军守将总兵沙有群部，占据处州。曾养性率部退守仙居，在城外扎立十三营盘。清副都统穆哈林分兵三路，亲率先头部队攻入及时营，后续部队迅速挺进，耿军节节败退。清军兵临城下，曾养性坚守城池，屡招不降，清兵架上云梯，三面攻城，耿军不能抵挡，打开西门遁逃，清军收复仙居。曾养性退据黄岩。黄岩凭山带江，耿军水陆扼险，清兵不能飞渡。贝子傅喇塔令人探得从土木岭逾茂平山，可达县境。于是组织兵士悄悄地伐木运石，开通栈道，出敌不意，突然出兵破敌二十五营，飞速围困黄岩。曾养性惊慌失措，乘夜突围，从水路逃到温州。贝子傅喇塔从楠溪沿山至青田渡江抵温，耿军赴上塘抵御一傅喇塔预先在绿嶂的宝胜寺埋伏甲兵，然后遣兵与耿军交锋佯败，诱敌尾追，退至绿嶂，号炮一响，伏兵俱出，耿兵首尾不能相顾，溺死及被杀伤者无算。养性闻报，就在温州城周围加强防御工事，令温州西南城外房屋尽行拆毁，把屋柱运到西城，从陡门头至三角门一带，构筑木城；又运粗石墙于陡门头，隔河一带筑造石城；从陡门头起至三角河止，离石城掘河数丈，将泥运入笔中，筑起泥笔城。这时，傅喇塔已发大兵直至郡西山，屯营于君子峰上。君子峰中有瓯浦岭，其东南角三峰连续，直达温州护国寺，称万丈平山。傅喇塔常常登上顶峰，相度形势，俯视温州城，了如指掌。他每日令各旗兵丁用大炮轰击城中，耿兵惊慌。康熙十五年(1676年)二月七日夜，曾养性部署兵力在西山邻近的阳岙、吕家岙、净屿寺等山下埋伏，于二更时分，潜出三角门，水陆并进，投强火烧清军各营盘。傅喇塔立命夸兰达丹母布、总兵陈世凯等迎战，用大炮打沉不少耿军船只。傅登高了望，一面用诱敌计，故意让下营烧毁，移居上营，谨守要隘；一面亲督大军，下山杀敌。一时耿军溃乱大败，清军追至将军桥及灰桥等处，扼其归路，耿军大都堕入水中，被斩首二万余，将军桥、姑娘庄、新桥一带大河内，积尸填溢。曾养性堕马，浮水逃入温州城中，浚壕增陴固守。城之四周皆水，清军不能陆攻，久围不下。

驻扎在衢州的耿军马九玉部也不断失利。康熙十四年(1675年)二月，赖塔遣总兵王廷梅分路冲杀，打败屯兵于衢州南山一带的耿部运粮军。五月，清兵分路击败耿部分扎在衢州的大埂村、上路源、硖口、汤溪、周寮和黄塘等沿河各个据点的驻军。八月，又在衢州北元口山区击溃专门破坏清军粮运的李廷魁部，焚毁他的木城。衢州危急。

耿藩与郑经的联盟维持不久，由于郑经向精忠借漳州、泉州召募军队，遭到耿精忠拒绝，郑、耿关系迅速恶化。康熙十五年(1676年)五月耿精忠因郑经夺取漳州、泉州、汀州诸府，突然撤走江西建昌的耿继祚部。康熙获悉，马上指令康亲王杰书说："耿精忠撤建昌诸贼，其为海寇所逼无疑，我兵宜乘机前进，其令大将军杰书……酌量招抚，勿坐失事机"。并命令杰书等撤除温州围军，移师攻取福建。

浙督李之芳向杰书建议："进取之路，不在温、处，而在衢。马九玉死守河西，难猝破。然其南江山，西则常山，皆问道可袭。我兵一进，使彼首尾受敌，即河西之垒，不能独完。"康亲王采纳了李的意见，同傅喇塔合军直捣仙霞。清军先击溃驻扎在衢州大溪滩的林福部，切断耿军饷道，乘胜收复江山县之后，康亲王密谕随征福建的左总镇兵刘显芳、满洲副都统胡图，乘夜出兵，向九龙山挺进。刚巧，马九玉亦遣军来劫寨，两军相遇江上，彼此莫辨，清军连发大炮攻击，耿军怆惶溃退。原来马九玉立营在九龙山顶，山下密布梅花，桩，用来阻挡清军，出兵时，仅开一径，兵士鱼贯而行，兵一出，随即闭关。这时，耿军兵溃关闭，败卒散处山下，进不能越江以劫营，退不能归营以自守。清军奋力进杀，连发大炮攻击，耿军精锐尽被歼灭。次日，清军火焚九龙山的耿军营垒，马九玉仅以三十骑逃遁。清军收复常山后，长驱奔向仙霞关，分路夹攻，耿军参将金应虎等献关迎接清军。清兵急遽进军福建。

蒲城石塘系由浙入闽的要隘，耿精忠命都尉连登云等重兵盘踞，阻扼清军入闽。傅喇塔令副都统倭申巴图鲁、总兵陈世凯、温处道姚启圣等分路进剿，自辰至晚连破九营，直抵石塘，焚毁木城，攻拔蒲城县。

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