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首先是财政税收政策实行的分税制，不利于宏观调控的实施。当前的分税制，使各地方政府独立征税，投资分散，重复建设，发展趋同，根本无法形成大宗产业链条和规模，比如，在各个城市都有汽车制造产业，但是规模大小不一，重复制造不胜枚举。其次是财政税收政策不完善，整体的税收环境还是适合于传统的产业，对绿色产业的税收优惠和税种相对较少、分散、不成体系。比如，没有“环境税”这一税种，对于排污的企业达不到惩治的目的，对于环保的企业没有大力度的优惠和鼓励。再次是政府对绿色产业的财政预算较少，重视度不够高，科目设置尚待完善，绿色产业投资难以透明和监督。比如，对环保和绿色产业的支出没有相应独立的会计科目设置。
三、财政税收政策的完善策略
（一）针对绿色农业的完善策略
首先，财政对农业补贴的支持力度应该加大，利用农业补贴对农民增产、农业增收来促进金融业的投入，为农业生产提供多元化的资金链。其次，农业基建设施的补贴应得到重视，建立健全农业基建设施对提高农产品质量和增加农业作业的效率有很大的帮助。应加强农业基建设施的财政补贴力度，如小型农业设施以贷款等方式自行解决，中大型农业设施由政府审查，根据实际规模给予一定比例的农业补贴。并且农业补贴要有针对性，我国目前农业补贴的对象品种繁多，单一品种得到的农业补贴金额少，因此，应该合理有效的利用现有资金，直接补贴直接促进我国重点扶持的农产品的培育和生产显得尤为重要。最后，农业补贴的法律法规应得到完善，目前我国只是依赖政府出台一些指令文件进行调控引导，并没有明确的农业补贴具有法律效应的规定。应当借鉴国外的成功经验，完善配套的法律法规，对现有的农业补贴法律规定进行有针对性的调整、重新修订,构建农业补贴法律制度，逐步形成由政府主导,具有长远意义和统一的规划，规范完整的农业补贴法律体系。
（二）针对绿色工业的完善策略
绿色工业要求投资、能源、资源的合理利用，投入较多的人力资源，在生产和消费环节不会产生污染物。类似软件和集成电路的高新技术产业符合绿色工业的要求，这样的产业人的智力投入多，自然资源投入少。因此，财政税收政策可以向高新技术产业上倾斜，并且加大优惠力度，促进传统产业向高新技术产业转型。首先，有针对性的进行税收优惠，国家重点支持的类似于生物医药产品等项目，增值税即征即退；对于高科技含量的部分产品降低增值税率；提升高新技术再投资额在所得税额中的扣除额度；对于非国家重点扶持的高新技术产业，采取加速折旧、扩大加速折旧范围、投资抵免等优惠政策。其次，国家以税收信贷的形式向企业提供可抵免所得税的技术开发基金。增加企业技术开发的积极性，降低风险。最后，通过免征个人所得税等优惠方式，鼓励从事科研创新和技术服务的人员，提高其研发的热情，也使更多的人投入到技术创新研究工作中去。
（三）针对绿色服务业的完善策略
中国正处于经济转型阶段，需要进一步优化产业结构，扩大第三产业也就是服务业在国内生产总值中的比例，从而逐步实现经济的可持续发展。为了加快服务业发展壮大的步伐，要完善营业税及增值税制度，从而实现在政策上大力扶持绿色服务业。首先是完善税目设置，制定划分税目的合理准则，杜绝交叉税目，适当增减税目，重新细化分类，对成本和盈利迥异的行业以差别税率征收营业税。其次是营业税的征收由全额向差额转变，将收入扣除费用后的余额作为计税依据，并且将营业税由5%降至更低，减轻服务业企业的纳税负担。最后把对部分服务业征收的营业税改为增值税，这样就可以进项税额抵扣，不但使增值税和营业税重复征收的现象得以扼制，还降低了企业的运营成本，大大提高了服务业的发展速度。
